Esa famosa frase utilizada en el anuncio de un fabricante de ruedas de coche, define perfectamente muchas cosas de la vida cotidiana, pero más aun define el uso que se le da a la potencia de cómputo que tiene la humanidad y cómo se aprovecha dicha potencia.

Como escribe Jose Luis Bernier en el post "[1] Su ordenador personal al servico de la ciencia y la medicina " son muchos los recursos que tiene la humanidad entre PCs, clusters, supercomputadores y demás aparatos capaces de procesar información, ya existe tecnología para intercomunicar toda esa potencia como son los sistemas Grids. La pregunta es ¿por qué no se aprovecha toda esa potencia? Estas cuestiones son las que se tratan en ese post, y se proponen algunas aplicaciones de investigación que se verían beneficiadas de toda esa potencia.

Ahora bien, ¿las alicaciones que hacen uso del cómputo intensivo aprovechan bien la potencia de cálculo? La inmensa mayoría de los problemas biomédicos que se tratan mediante computación intensiva no tienen un algoritmo de resolución exacto, así que no nos queda otra opción que usar la fuerza bruta de una forma más o menos inteligente.

En bioinformática se trabaja con problemas muy complejos que se resuelven mediante fuerza bruta, estamos acostumbrados a utilizar numerosos algoritmos para aprovechar lo mejor posible los ciclos de computación de los que disponemos: algoritmos evolutivos, multiobjetivos, paralelismo, heurísticas sofisticadas, modelos estadísticos, redes bayesianas,…

A modo de ejemplo, vease la predicción de la estructura tridimensional de una proteína. La proteína más simple de solo 5 componentes puede llegar a tener 10¹¹ formas posibles, eso computacionalmente hablando, es muy duro para evaluar cada posible forma y confirmar cual de todas esas conformaciones es la que la maquinaria biológica elige. Imaginad los requerimientos de cálculo que necesitaríamos para evaluar proteínas de cientos de componentes, eso no es viable.

La única solución es encontrar formas de dirigir la potencia que tenemos, de ahí la frase "La potencia sin control no sirve de nada". Una buena utilización de ciertos recursos de cálculo es capaz de solucionar problemas que serían imposibles de resolver mediante una búsqueda exhaustiva de la solución al problema. Pero claramente estos algoritmos y heurísticas requieren de tiempo de investigación y de buenos investigadores que propongan modelos y métodos astutos de cálculo.

Por tanto no solamente es importante conseguir que todo el mundo se sume a poner los recursos computacionales que no usa a disposición de la ciencia, sino que hay que invertir en investigación para usar esos recursos de la mejor forma posible.

Para conseguir buenas soluciones en Bioinformática es importante que los grupos de investigación estén compuestos tanto por investigadores de informática, como investigadores en biomedicina, y demás especialidades que conocen el problema.

Pero,

¿Cómo creeis que mejoraría una investigación si uno de sus integrantes tuviese estudios avanzados tanto de informática como de una especialidad biológica?

[2] intelligenia